Berdasarkan Peraturan Mahkamah Agung Nomor 9 Tahun 2016 tentang Pedoman Penanganan Pengaduan (Whistleblowing System) di Mahkamah Agung dan Badan Peradilan yang Berada di Bawahnya :'

1. Pengaduan adalah laporan yang mengandung informasi atau indikasi terjadinya Pelanggaran terhadap Kode Etik dan pedoman perilaku Hakim, Pelanggaran Kode Etik dan pedoman perilaku Panitera dan  Pelanggaran terhadap Kode Etik dan kode perilaku pegawai Aparatur Sipil Negara, Pelanggaran hukum acara atau Pelanggaran terhadap disiplin Pegawai Negeri Sipil atau peraturan disiplin militer, maladministrasi dan pelayanan publik dan/atau Pelanggaran pengelolaan keuangan dan Barang Milik Negara.
2. Penanganan Pengaduan adalah proses kegiatan yang meliputi penerimaan, pencatatan, penelaahan, penyaluran, konfirmasi, klarifikasi, penelitian, pemeriksaan, Pelaporan, tindak lanjut, dan pengarsipan.
3. Tujuan penanganan Pengaduan adalah untuk merespon Pengaduan baik yang berasal dari masyarakat, instansi lain di luar pengadilan, maupun dari internal pengadilan, agar citra dan wibawa  lembaga peradilan tetap terjaga dan kepercayaan masyarakat terhadap lembaga peradilan meningkat.

Pengaduan kepada Pengadilan Militer Utama dapat disampaikan melalui:

1. Aplikasi SIWAS MA-RI secara on-line>> klik <<;
2. Surat elektronik (e-mail) dengan alamat e-mail:  This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it
3. Faksimile nomor (021) 4870 1705;
4. Telepon nomor (021) 2983 2987 pada saat jam kerja, hari Senin – Jumat, pukul 08.00 s/d 16.30 WIB;
5. Meja Pengaduan dengan datang langsung ke kantor Pengadilan Militer Utama, pada saat jam kerja, hari Senin – Jumat, pukul 08.00 s/d 16.30 WIB;
6. Surat resmi yang ditujukan kepada pimpinan dalam hal ini Kepala Pengadilan Militer Utama, dengan cara diantar langsung, atau melalui pos ke alamat kantor di Jl. Raya Penggilingan Cakung Jakarta Timur. Pengaduan secara tertulis wajib dilengkapi fotokopi identitas dan dokumen pendukung lainnya seperti dokumen lainnya yang berkaitan dengan pengaduan yang akan disampaikan.

Penerimaan Pengaduan oleh Pengadilan Militer Utama

1. Pengadilan Militer Utama akan menerima setiap pengaduan yang diajukan oleh masyarakat baik secara lisan maupun tertulis.
2. Pengadilan Militer Utama akan memberikan penjelasan mengenai kebijakan dan prosedur penyelesaian pengaduan pada saat masyarakat mengajukan pengaduan.
3. Pengadilan Militer Utama akan memberikan tanda terima pengaduan.
4. Setiap pengaduan yang diterima akan disampaikan kepada Badan Pengawasan Mahkamah Agung RI secara elektronik melalui aplikasi SIWAS MA-RI.